El Programa de Segunda Especialidad tiene objetivos académicos acordes con las competencias esperadas como especialistas, quienes al culminar su formación en los tres años deberán haber logrado las competencias en:

1. Asumir su papel de especialista, con visión transformadora y compromiso social, en el contexto socio sanitario de la región y del país.
2. Aplicar conocimientos científicos y tecnológicos, y las habilidades indispensables, para la prevención de enfermedades, ejecución e interpretación de los procedimientos de diagnóstico y la aplicación de los esquemas terapéuticos relacionados con la especialidad.
3. Atender las enfermedades de mayor prevalencia en las áreas de medicina, cirugía, gineco-obstetricia, pediatría, anestesiología y medicina familiar y comunitaria así como las emergencias médico quirúrgicas.
4. Derivar oportunamente al especialista correspondiente las patologías de mayor complejidad.
5. Realizar trabajos de investigación, orientados a la generación de nue­vos conocimientos y nueva tecnología.
6. Participar activamente en la docencia con la capacitación de otros profesionales, trabajadores de la salud y la comunidad en general, contribuyendo al mejoramiento de la calidad de los procesos de atención y a su desarrollo integral.
7. Gerenciar consultorios, servicios, programas o proyectos de la especialidad.
8. Impulsar el trabajo en equipo para la planificación, ejecución, programación y evaluación de las actividades de la especialidad, y particularmente en su proyección como líder en salud de la comunidad.
9. Profundizar su autoformación permanente.
10. Aplicar los principios y valores éticos que le permitan intervenir en la solución de los problemas de salud con sentido humanitario y vocación de servicio, en el marco de las disposiciones legales vigentes.